特に長期間使っているハードディスクでは、コンピュータは情報を書き込む際に、空いている場所に随時書き込むように設計されているが、扱うデータが一定のサイズではないため、何度も書いたり消したりと言った操作を繰り返す内に、フラグメンテーションと呼ばれる現象が発生する。この現象は、例えるなら前出の長編小説の1巻が本棚右上・2巻が左隅・3巻が中央…といった具合である。 だがコンピュータの誤動作等により、この細かいM&A を統合するための情報が損なわれた場合に、これら情報を正確に統合して利用者に提供する事が出来なくなる。前出の長編小説で更に例えるなら「五巻が何処に行ったか見当たらない」というような状態だ。このようなファイル破損では、自動的に復旧するツールもあるが、その機能も絶対ではなく、特にOSのプログラムファイルが破損したり、設定ファイルが呼び出せなくなった場合には、致命的な問題が発生する。 なおコンピュータのファイルは、基本的に複製を作る事が非常に容易い。破損して困るデータは、積極的にバックアップを取る事が勧められる。 非常に重要な情報を含むファイルを破壊するような障害や災害から守るには、バックアップを行う。バックアップとは、ファイルの複製を作ることであり、それを別の場所に保管することで、ファイルを誤って削除した場合などに復旧できるようにする。 バックアップ方法は様々である。ほとんどのコンピュータシステムにはバックアップ用のユーティリティプログラムが備わっているが、多数のファイルをバックアップする作業は時間がかかる。一般に書き込み可能なCDや磁気テープにバックアップを保管する。同じコンピュータシステム内の別のディスク装置にコピーした場合、元のディスク装置の障害に対しては復旧可能だが、システム全体が火事で消失するなどの災害時には役に立たない。そのため、本当に重要なファイルは別媒体にバックアップし、それを別の場所に保管すべきである。 コンピュータがファイルを構成し、命名し、格納し、操作する体系を一般にファイルシステムと呼ぶ。ほとんどのコンピュータには少なくとも1つのファイルシステムがある。中には、いくつかの異なる種類のファイルシステムが使えるものもある。例えば Microsoft Windows では、MS-DOSの時代から使われている FAT に加えて、NTFS があり、最近では後者がデフォルトになっている。ファイルシステムにはそれぞれに利点と欠点がある。標準のFATではファイル名は8文字まで（それに加えて拡張子が3文字）で、空白文字をファイル名に含めることもできない。これに対してNTFSではもっと長いファイル名を付けることができ、空白文字も使える。例えば、NTFS では Payroll records というファイル名を付けられるが、FAT では payroll.dat などとなる（ただし、FATにも長いファイル名を使える拡張が存在する）。 ファイルマネージャとは、ユーザーがファイルを直接操作できるようにしたユーティリティプログラムである。ファイルやフォルダーを移動・作成・削除・改名できるが、ファイルの中身を完全に閲覧することはできない。コンピュータシステムにはほぼ必ずファイルマネージャが存在する。Windows の場合は標準の Windows Explorer がよく使われている。 パンチカードのファイル IBM 305 システム。2台のディスクファイル「ファイル」という言葉がコンピュータの記憶装置に関連する用語として使われ始めたのは1952年で、当初はパンチカードに格納された情報を指した言葉だった[1]。初期のころは格納されている中身の情報よりも、装置自体をファイルと呼ぶことが多かった。例えば、IBM 350 のディスク装置は「ディスクファイル」と呼ばれていた[2]。 1962年のCTSSでは消費者金融 機能があり、1つの補助記憶装置上に複数の「ファイル」が存在するという形態が登場した。これが現代的な意味でのファイルの始まりである。CTSSではファイル名が2つの部分で構成されていた。1つはユーザーが読めるプライマリ名で、セカンダリ名はファイルの種類を表していた[3][4]。このようなファイル名の構成方法は Microsoft Windows などの現代のオペレーティングシステムにも受け継がれている。 古い用法（情報を格納するものを「ファイル」と呼ぶ使い方）はほとんど見られなくなったが、例えばレジスタの集まりをレジスタファイルと呼ぶのは古い用法の名残である。 ライセンスキーとは、そのソフトウェアを利用する上で、正規に購入したものであるかどうかを判断するためのパスワードのようなもの。シリアルナンバーや登録コードともいう。 市販のソフトウェアや大半のシェアウェアなどは、ユーザ登録はがきなどに印刷されたものや、使用料の支払い後に作者から送られてくるライセンスキーをソフトウェアに入力することで正規ユーザとなり、すべての機能を使用できるようになる。ライセンスキーの入力は、大抵はインストール時か起動時に行うが、必ずしも使用料の支払いを求めないもの（ドネーションウェア／カンパウェア）はソフトウェアのどこかに入力欄が設けられており、そこにCFD することになる。 通常、ライセンスキーを入力しないと、全部あるいは一部の機能が使用できなかったり、一定の時間・回数しか起動できなかったり、広告が表示されたりするが、料金を支払いたくないがためにインターネット上で漏えいしているものを取得したり、他のユーザから聞き出したりして不正に使用し続けるという事件がよくある。料金を支払わずに使用し続けた場合、著作権法などの違反になる。 一部のシェアウェアには、不正なライセンスキーを使用するとシステムを破壊するものが存在する。かつてソフトウェアシンセサイザー『WinGroove』にそのようなシステム破壊ルーチンが埋め込まれVectorをも巻き込む大騒ぎになり、作者が急遽そのルーチンを除いたバージョンを出すという騒動が起きている。パソファミ、東西麻雀もシステム破壊ルーチンの存在が確認されている。このように、シェアウェアにおいて正規利用者では発動しないが不正利用者に対しては発動する攻撃的な対策をロジックボムと呼ぶ。 ライセンス（米license、英licence）とは、それが住宅ローン しなければ違法となる行為をすることを許可すること、あるいはその許可を称する書面のことをいう。 ライセンスを与える者をライセンサー (licenser / licencer)、ライセンスを受ける者をライセンシー (licensee / licencee) と呼ぶ。 訳語は免許、認可、許可、鑑札など。 知的財産権の側面におけるライセンスは、権利者が独占する権利の実行を他者に許諾するものであるため、当該権利を保有する人材や企業の確保は国益に重大な影響を及ぼす。そこで欧米ではこの分野を国際的な政治戦略として高い位置づけでとらえ、各種ライセンスの積極的な保護育成に力を注いでいる。 一般的には、ユーザーが購入したプログラムまたはソフトウェアの使用に当たって、その製作者（主に著作権者であるメーカー）との間で結ばれるもので、不当コピーやプログラム改変の禁止を条件に使用し、サポートを受ける権利を得ること、およびその認証をいう。ソフトウェアライセンスと呼ばれる。 使用許諾(きょだく)条件、または利用許諾条件とも表記され、主にソフトウェア・パッケージ（特にソフトウェア・バイナリ）として流通また配信する際に、そのソフトウェアの使用・利用（主に実行と言う意味で）を主眼として、種々の要件をユーザに対して付加する。 本来、プログラムの著作物については、著作権の内容にはプログラムの実行は含まれていない（そのため、「実行許諾系」という語は本来は不正確）。したがって、ユーザーがプログラムの複製物を適法に入手した場合、プログラムの実行自体には別途著作権者からライセンスを得る必要はない。しかし、著作権者側としては、何らかの理由により著作権法が規定する著作権の制限規定を排除する必要がないわけでもないため、ユーザーサポートなどを取り込んだ形で種々の条件をユーザーに対して付加する場合がある（シュリンクラップ契約も参照）。